有機耕作主要有以下方法：不使用化學物質進行植保，在適應的植物輪作上盡量少選用易受感染品種，選擇合適的品種并用物理方式管理，如中耕和燃燒除草，不使用易溶解的礦物質肥料，主要使用有機的含固體氮成分的糞類或復合肥，利用固氮植物（豆科植物類）環保施肥，并且使用緩慢見效的天然肥料，通過集中腐殖質管理保持土壤肥沃，使用多種植物輪作或間作進行多樣和長期的植物輪作，不使用對生長有調控和激素作用的合成化學物質。保持有限的，務必與土地關聯的儲存密度，使用農作物秸稈或青飼料飼養動物，如果可能，幾乎不購買飼料，盡量少用抗生素。